Ben Affleck từng kết hôn với nữ diễn viên Jennifer Garner vào tháng 6/2005 tại Turks and Caicos. Cặp đôi có với nhau ba đứa con và chia tay vào năm 2015. Sau khi chia tay, Jennifer Garner và Ben Affleck vẫn giữ mối quan hệ tốt đẹp. Ben Affleck được vợ cũ hỗ trợ, động viên rất nhiều để đi cai nghiện rượu.